В этой игре вы продолжаете битву против злобного доктора Вили, теперь к вам, по кроме прошлых героев: Megaman, Protoman, Bass, присоединился ещё 1, его имя Duo, он киборг, использующий свой кулак вместо бластера, как у предыдущих. Перед началом игры вам даётся выбор из 3-х сценариев: найти Вили, спасти Roll и вернуть украденные технологии, в каждом свой набор врагов. 2-D графика выглядит просто великолепно. Битвы всё также проходят в файтигообразной манере и ничуть не стали хуже. Боссов стало намного больше, благодаря которым заодно произошло и увеличение способностей у персонажей, если быть точным вы заимствуете спец атаку поверженного врага, из набора которых составляете стратегию борьбы со следующим боссом. В конце вас ожидает тот самый злобный доктор, на которого понадобятся все без исключения приемы, давшиеся с таким трудом.