Известный злодей Neo Cortex и его приспешники снова занялись своими грязными делишками. На этот раз они разместили драгоценные камни в стратегических точках нашей планеты, чтобы усилить мощность их специального луча shrinking ray, который уменьшит Землю до размера обычного фрукта. Теперь вам предстоит должен преодолеть 20 увлекательнейших и довольно сложных уровней, собрать кристаллы и драгоценные камни и таким образом вернуть родной планете нормальные размеры, а заодно снова расправиться со злодеем Кортексом и его бандой.
Основной сюжет игры централизируется на очередном злодеянии доктора Нео Кортекс, целью которого на этот раз является уменьшить планету Земля с помощью гигантского оружия под названием «Уменьшитель Планет». Главный герой истории по имени Крэш Бандикут должен собрать все кристаллы, чтобы обернуть действие оружия и вернуть прежние размеры родной планеты, а также победить доктора Кортекса и его приспешников.