Nanostray - шутер с вертикальным скроллером, похожий на прошлые игры, такие как Raiden и Tyrian, и это лишь некоторые из них.
Игроки разблокируют функции (концепт-арт, фоны и т. д.), сражаясь в режиме приключений, который, в свою очередь, позволяет проходить пройденные уровни в аркадном режиме, который предназначен исключительно для достижения высоких результатов. Лучшие результаты в аркадном режиме можно зарегистрировать на официальном сайте игры для сравнения с другими игроками со всего мира.
Режим приключений также позволяет игрокам выполнять миссии в нелинейном порядке, однако все три в одной группе должны быть выполнены, прежде чем можно будет выполнить следующие три и так далее.
Сенсорный экран используется для отображения текущего статуса и для сканирования боссов в конце уровня на наличие слабых мест.
Режимы испытаний добавляются после прохождения уровней приключений, что позволяет игрокам проходить игру с набором ограничений, что усложняет достижение высоких результатов, но увеличивает сложность и долговечность игры.
Два игрока могут соревноваться друг с другом, чтобы набрать наибольшее количество очков до окончания таймера или первыми достичь определенного предопределенного лимита очков.
Игра поддерживает многопользовательскую игру с одной тележкой, поэтому требуется только одна копия.