Вы - секретный агент, направленный на проникновение и вражескую базу и уничтожить их лидера. Вооружившись кулаками, ножом и пистолетом, вам придется победить всех вражеских солдат, которых вы встретите, и спасти всех попавших в ловушку ученых. Супер Шпион играется от первого лица. Реальная графика выполняется с использованием двухмерных фонов и спрайтов, но выстроена таким образом, что вы видите мир глазами своего персонажа. Вы можете прокручивать влево и вправо по коридорам и входить в любые двери, которые встречаете, нажимая вперед. Вы также можете пройти вперед по любым вертикальным коридорам, с которыми вы столкнетесь, чтобы добраться до горизонтальных коридоров дальше на заднем плане. Игра состоит из серии уровней, все выложены в виде лабиринтов с горизонтальными и вертикальными коридорами для прохождения.