Генерал Морден вновь на коне и опять строит планы по захвату мира, на этот раз он входит в союз с инопланетянами, оказывающими ему всяческую поддержку. Однако у последних свои виды на нашу планету. Под самый конец игры происходит неожиданное, Морден оказывается в затруднительном положении, пленником инопланетян. Начинается битва за Землю, в которой на вашу сторону переходят оставшиеся войска плененного злодея.
На этот раз спецназу "Соколы Пилигрима" в лице Марко и Тарма идут на помощь их коллеги-барышни из разведывательной группы "Воробьи" Эри Касамото и Фио Джерми. В этой серии вам доступно новое оружие: дропшот, лазер и коктейль Молотова. Среди бронетехники также есть пополнения: верблюд, оснащенный пулеметом "Вулкан", палубный истребитель вертикального взлета, и механизированный бронекостюм, танк "Metal Slug" обзаводится бронебойными снарядами для своей пушки. Вашими врагами служат все те же солдаты Мордена, овладевая все новыми видами оружия и техники. Вводится система трансформаций героя, в результате которых он меняет не только свой облик, но и некоторые способности. В этой серии герой может превратиться в малоподвижного, но мощного жирдяя, (Миссия 4), или в едва волочащию ноги мумию (Миссия 2).
Всего в игре пять уровней зудобробидтельного действия, больше оружия, больше врагов, которых все тяжелее выкурить из их укрытий. Из просто сложной игры Metal Slug превращается в вовсе непроходимую. Разрушить в игре можно практически все имеющиеся на экране объекты. Боссы красивы и опасны. Отличное продолжение отличной игры, сделавшее хитом пока еще не слишком длинную серию Metal Slug. Большим минусом игры для ее поклонников на автомате были ее частые подтормаживания в активных сценах и битвах с боссами. Сегодня, как правило, эмуляторы решают эту проблему, разгоняя эмулируемый процессор MC68000 в полтора-два раза. Эти причины побудили SNK выпустить сиквел игры под именем Metal Slug X на новом более быстром движке, который впоследствии будет использован для всех последующих частей серии.