Obscure: The Aftermath является сиквелом игры Obscure, где события разворачиваются спустя 2 года после всего того, что произошло в Leafmore High, когда несколько подростков, пребывая в ловушке, смогли выжить от чудовищ и директора-маньяка. Затем они поступают в колледж Fallcreek, надеясь стереть из памяти все ужасные моменты, но дела идут не так гладко, как хотелось бы, и весь университетский городок заполоняют необычные черные цветы. Подростки, проводя опыты с этими цветами, обнаруживают опасное вещество, которое воздействует на рассудок, пробуждая немыслимые фантазии и красочные сны. Спустя какое-то время несколько выживших начинают бороться за жизни оставшихся, но жуткие кошмары становятся реальностью…
Таким образом они наделись забыть все то, что с ними произошло в прошлом. Как оказалось, это невозможно ведь даже спрятавшись в колледже с ними начали происходить странные вещи. Сначала вся территория колледжа было заполнено черными цветами. Ребята решили проверить в лаборатории насколько они опасны, и как оказалось эти цветы выделяют какое-то странное вещество способное забивать рассудок. Вы должны помочь ребятам спасти студенческий городок.