Bomberman Story DS - это побочный продукт основной серии Bomberman, представляющий собой ролевой боевик с элементами головоломки, похожий на игры Zelda. Некоторые из элементов RPG включают в себя наличие шкалы жизни, которую следует учитывать, и свободное перемещение по карте вместо привязки к обычной сетке. Это позволяет лучше изучить набор, что важно, поскольку можно найти предметы и использовать их для повышения мастерства Бомбермена (например, усиления или оборудование). Бомбермен также может повышать уровень, как это принято в ролевых играх.
Особенностью этой игры является ее возможность подключаться к другим играм Bomberman (например, Bomberman 2 ) в многопользовательском режиме. Как следует из названия, в отличие от обычных игр Bomberman, в этой сюжетной линии изображен Бомбермен как агент, выполняющий миссию по восстановлению украденных данных у определенной группы злоумышленников.