В Brain Voyage участвует известный немецкий дизайнер настольных игр доктор Райнер Книция. Он сопровождает игрока в кругосветное путешествие по 13 городам и объясняет, как устроена каждая головоломка.
Для каждой из 16 головоломок есть пять вариантов. К ним относятся клоны Memory или Minesweeper, а также гибрид покера и пасьянса, в котором игроку раздаются карты, а затем он должен попытаться разместить их в сетке, чтобы собрать лучшие руки. В зависимости от своего результата игрок получает бронзовую, серебряную или золотую медаль и несколько монет, которые затем можно потратить на доступ к новым городам (и, следовательно, к новым головоломкам) или на покупку новых уровней сложности для любой уже разблокированной головоломки.
В игре также есть функция DS Download Play, которая позволяет хозяину поделиться разблокированной головоломкой со своим другом, даже если у него нет игры.