Когда на планету Скайла прибыло загадочное инопланетное существо, жители планеты попытались помириться с ним. Однако его намерения были совсем не такими, как... уничтожить все на своем пути и заставить жителей планеты бежать, поскольку ни одно из их оружия не могло даже причинить ей вреда. Исследование показало, что инопланетянин мог существовать в двух разных временах одновременно, и в обоих ему можно было только навредить. Была построена особая машина времени – такая, которая может перенести кого-то одновременно в прошлое и настоящее...
Chronos Twin - платформер с боковой прокруткой, отличающийся тем, что действие происходит на обоих экранах Nintendo DS одновременно. На верхнем экране отображается игрок в настоящем, а на сенсорном экране - в прошлом. Нажатие кнопки A заставит прошлого и настоящего игрока прыгнуть одновременно. Хотя существуют определенные различия в прошлом и настоящем (например, платформа в прошлом может не существовать в настоящем), пока игрок стоит на платформе в один период времени, он не упадет.
В распоряжении игрока также есть оружие - пистолет, из которого можно стрелять в настоящем с помощью кнопки X и в прошлом с помощью кнопки B. Однако из пистолета нельзя стрелять в оба периода времени одновременно. Пистолет также можно зарядить, удерживая кнопку, выпустив более мощный выстрел.
После определенного момента в игре игрок также может останавливать время в один период и свободно перемещаться в другой период. Это можно использовать для перемещения блоков, позволяющих пройти как нынешним, так и прошлым игрокам, или для освобождения платформ, до которых игрок за один период времени не смог добраться.