Deep Labyrinth - это медленная игра от первого лица об исследовании подземелий для Nintendo DS. Движение контролируется с помощью D-pad, а все атаки в игре выполняются с помощью сенсорного экрана. Магическая система Deep Labyrinth требует от игрока рисовать символы Кирие на сетке 3x3, чтобы произносить заклинания. По ходу игры Кирие становятся все более и более сложными, и в конечном итоге требуются строки из 9 уникальных символов.
Игра разделена на две главы, достаточно разные, чтобы представлять собой отдельные игры.
В первой главе рассказывается история мальчика по имени Шон, чья семья оказалась на обочине дороги из-за лопнувшей шины. Его родители отправляются за помощью, но загадочным образом исчезают. Поскольку уже поздно и приближается шторм, Шон и домашний питомец - собака по кличке Эйс - ищут убежища в очевидно заброшенном особняке неподалеку, но при этом оба переносятся в причудливый фантастический мир. Судя по всему, этот мир - это место, куда отправляются ненужные человеческие воспоминания, которые действительно стираются, и, как мы узнаем - воспоминания родителей Шона о нем и друг о друге подлежат удалению. Это заставляет нашего героя отправиться на поиски спасения своей семьи и, возможно, открытия темных тайн мира воспоминаний.
Во второй главе вы играете за героя, таинственным образом перенесенного в безымянное подземелье, где вскоре он обнаруживает девушку, запертую в кристалле. Герой смутно помнит, что когда-то был знаком с девушкой, но предполагается, что она давно умерла. С этого момента игра превращается в побег из темницы и спасение девушки.
Эти две главы настолько разные, что их можно назвать отдельными играми. Первая глава наполнена неигровыми персонажами, диалогами и роликами сюжетных событий, а также несколькими длинными аниме-видео, в то время как вторая глава намного мрачнее и содержит очень мало сюжета, вместо этого основное внимание уделяется боям.