В Elements of Destruction игрок может высвободить самые нестабильные силы на Земле, такие как торнадо, грозы, ледяные бури, землетрясения и метеоритные бури, сея хаос в ничего не подозревающих городах, нанося огромный ущерб и создавая полный и абсолютный хаос.
История рассказывает о телевизионном метеорологе по имени Марти Сторм, которого уволили с работы за то, что он сообщил правду о плохих погодных условиях вместо того, чтобы лгать о хороших погодных условиях, что, как надеется продюсер станции, приведет к улучшению рейтингов. После этого он клянется отомстить, поскольку его бывшие коллеги высмеивают его, однако Марти Шторм также является безумным ученым по совместительству, который создал устройство, которое может создавать катастрофы по своему желанию. С помощью этого устройства Шторм отправляется на поиски, чтобы поставить город и своих бывших коллег на колени. Геймплей разделен на три недели (уровни) по семь дней, каждая из которых имеет свой набор целей. Некоторые из них заключаются в нанесении определенного количества урона, другие - в разрушении определенного процента зданий, а третьи - в разрушении определенных зданий. Эти цели должны быть выполнены в течение определенного срока.
Чтобы вызвать эти штормы, в правой части нижнего экрана находится меню, в котором есть список доступных бедствий (некоторые доступны только в определенные дни). Выбрав катастрофу, они с помощью стилуса создают путь разрушения для торнадо и штормов или выбирают определенную точку для землетрясения или метеоров. Что касается штормов и торнадо, игроки могут нажимать на них стилусом и продолжать менять путь, пока они не закончатся. Кроме того, у игрока должно быть определенное количество энергии, чтобы иметь возможность выбирать их, которые восстанавливаются с течением времени или могут быть получены путем разрушения зданий. Чтобы помочь игроку, в верхней части экрана также расположена мини-карта, на которой показано расположение зданий, их типы и состояние здоровья.
У каждого шторма также есть свои особые атаки, которые доступны только после достижения третьего уровня в игре, и доступ к ним можно получить, щелкнув значок над катастрофой. Торнадо становится намного мощнее и способен нанести больший ущерб. Гроза может вызвать пожары в зданиях, которые игрок затем может дуть в микрофон DS, чтобы раздуть пламя и распространить его. Ледяная буря вызывает метель, которая ослабляет здания для других штормов. Землетрясение станет более сильным, если игрок будет постоянно нажимать на центр землетрясения, и метеоритный шторм будет иметь тот же эффект.
Однако предпринимаются попытки остановить прогресс игроков, и некоторые здания могут мгновенно остановить катастрофу игроков. Ловец торнадо может поглотить торнадо, а сокрушитель облаков уничтожает молнии и ледяные бури. Сейсмический нуллифер предотвращает землетрясения, метеорный щит удерживает метеоры от разрушения зданий, а погодный присос останавливает торнадо и штормы. Здание зоны, свободной от штормов, предотвращает любые катастрофы вокруг него, а отпугиватель погоды отражает от них штормы и торнадо. Есть также два типа дронов, которые появляются время от времени: ремонтный дрон будет летать вокруг и ремонтировать здание, а восстанавливающий дрон мгновенно вернет здание обратно, не имея времени на его восстановление. Игрок может использовать грозу, чтобы парить над этими дронами и уничтожать их.
По всему уровню также разбросаны бонусы, которые на короткое время повысят шторм или катастрофу до следующего уровня. Чтобы использовать эти бонусы, игрок должен поглотить их штормом или катастрофой, однако цвет во многом соответствует используемому бедствию, иначе усиление не будет иметь никакого эффекта.
Есть также многопользовательские режимы, поддерживающие до трех разных игроков. Режим гонки позволяет игрокам выполнить определенный набор поставленных перед ними задач, причем победителем становится тот, кто первым их выполнит. Существует также перетягивание каната, где главная цель состоит в том, чтобы нанести как можно больше разрушений в денежном выражении или в определенном процентном соотношении.