Это одновременно ремейк третьей игры Fire Emblem, изначально предназначенной для SNES, и продолжение более ранней игры Shadow Dragon для DS . Графически и геймплейно Fire Emblem: New Mystery of the Emblem практически не изменилась, хотя есть некоторые новые функции.
Прежде всего, вы можете выбрать менее хардкорный режим, который отключит необратимую смерть персонажей - функция, которая была в Fire Emblem с самого начала. Через определенное время, когда картридж останется в слоте, персонажи смогут «отдыхать» между боями, случайным образом получая бонусы к характеристикам, опыту или находя уникальные предметы и оружие. Также есть один многопользовательский режим с отдельным набором карт, в котором игрокам необходимо захватить и удержать замок. Также возможно торговать единицами без проводов. И последнее, но не менее важное: есть несколько дополнительных миссий, которые объясняют части истории, которые не были показаны во время кампании под названием «Арханейские хроники». Они были переделаны из игры Satellaview Fire Emblem, эпизодически распространяемой через спутниковый аддон для SNES.
И еще одна особенность в том, что вы можете создать свой собственный аватар, а точнее выбрать его из ряда классов и дать ему имя. Этот персонаж также станет частью истории. Вначале вы приходите на территорию дворца, чтобы побороться за право стать частью королевского рыцарского отряда принца Марта, который теперь является героем войны. Прошел год с тех пор, как он и другие герои победили зловещего колдуна Гарнефа, который пытался выпустить драконов обратно в человеческий мир, одновременно втягивая разные страны в войну друг с другом. На выпускной церемонии вы становитесь свидетелем покушения на вашего сюзерена, которое запускает цепочку событий, которые снова приводят вас к долгой военной кампании. В своих путешествиях (и битвах) вы встретите персонажей, которые были знакомы и сражались на вашей стороне в предыдущей игре, но теперь многие из них снова оказались на стороне противника.