Fossil Fighters начинается с того, что предстоящий Fossil Fighter прибывает на остров Вивозавр, золотую жилу окаменелостей динозавров. Окаменелости заключены в камень, который можно отнести в лабораторию, где игрок может использовать сенсорный экран, чтобы забивать, скалывать, сверлить и смахивать куски камня вокруг окаменелости. Игрок должен быть осторожен, чтобы не повредить окаменелости, иначе они будут уничтожены. После успешной очистки динозавр может быть возрожден в мощных динозавроподобных существ, называемых «вивозаврами», чьи характеристики будут варьироваться в зависимости от того, насколько хорошо они обращаются с окаменелостями в процессе очистки. Чем тщательнее и тщательнее игрок очистит окаменелость, тем сильнее будет Вивозавр в бою.
Игра вращается вокруг охоты за окаменелостями, возрождения более 100 вивозавров и использования их для сражений с другими ископаемыми бойцами в пошаговых битвах вивозавров, в которых может участвовать до трех вивозавров с каждой стороны. Чем лучше продвигается игрок, тем выше его рейтинг, чем выше рейтинг, тем к большему количеству областей игроку будет предоставлен доступ, чтобы он мог раскопать лучшие окаменелости и узнать больше о тайнах острова Вивозавр.