В Ant Nation игрок помогает колонии муравьев выжить против их врагов: паразитов и пауков. Из космоса. Это не проявляется в их внешности, а только в некоторых их дальних атаках и сюжетных роликах, в которых сумасшедший профессор создает новые проблемы.
С точки зрения игрового процесса, это упрощенная стратегия в реальном времени. Есть два вида муравьев: сборщики и бойцы. Первые собирают еду в окружающей среде (что необходимо для расширения улья и получения большего количества муравьев) и открывают ящики, с которых начинаются миссии. Там игрок должен решить различные задачи (например, убить всех врагов или уничтожить вражеский улей) за отведенное время, используя бойцов. Муравьев также можно разделить на элементарные группы (водяные, огненные или ядовитые), что помогает преодолевать препятствия окружающей среды. Управление косвенное: игрок выбирает группу и целевую точку. Затем муравьи перемещаются в эту точку и самостоятельно решают, что делать; возможным результатом может быть то, что они прекратят движение, если решат, что что-то еще поблизости более важно. Движущиеся цели не могут быть отмечены. Иногда улей, который всегда отображается на верхнем экране DS, терпит катастрофу: тогда игроку приходится удалять мусор с помощью стилуса.
Кроме того, есть режим для двух игроков, который по сути представляет собой игру «камень-ножницы-бумага» с элементарными навыками.