Игроки вновь управляют юным Лана и отличным Синим Роботом, путешествуя по футуристическому городу Cyber City, а также по виртуальному пространству, которое помогает воспользоваться компьютерными терминалами. Сюжет игры связан с историей двух древних существ, которые обладали невероятной силой, и она временно может быть использована Мегаменом. В зависимости от вышеупомянутых двух версий игры, Мегамен, воспользовавшись этой способностью, может превращаться в волка или птицу. При этом скорость движения, скорострельность и атакующая мощь заметно возрастают. Кстати, Мегамен может как бы скачивать способности побеждённых им врагов, используя так называемую "cross system". Блу Бомбер сражается с компьютерными вирусами в киберпространстве. К нему присоединятся, так называемые, Link Navis, пять из которых представлены на каждом из картриджей обеих версий этой игры. Есть также многопользовательский режим, в котором игроки могут обмениваться программами, боевыми чипами или участвовать в сражениях Net battles с использованием link cable.