Bejeweled 3 возвращается к традиционной формуле «три в ряд» после немного другого спин-оффа Bejeweled Twist. Как и в предыдущих играх, игроку предоставляется доска, заполненная драгоценными камнями разных цветов. Цель игры - убрать драгоценные камни с доски, меняя местами соседние драгоценные камни так, чтобы образовалась цепочка из трех или более драгоценных камней. Новые драгоценные камни будут генерироваться в верхней части экрана и падать на пустые места. Это может привести к цепной реакции, когда драгоценные камни падают и создают новые совпадения. Новым в Bejeweled 3 является то, что игрок может продолжать менять драгоценные камни во время цепной реакции. Есть несколько особых драгоценных камней; Пламенные драгоценные камни создаются из сочетания четырех драгоценных камней и взрываются при соединении, тем самым удаляя окружающие драгоценные камни. Сочетание пяти драгоценных камней создаст гиперкуб, который можно соединить с любым соседним драгоценным камнем, а затем уничтожить все драгоценные камни этого цвета. Звездные драгоценные камни создаются из спичек Т- или L-образной формы и уничтожают все драгоценные камни, находящиеся справа, слева, вверх и вниз от него.
В игре имеется четыре игровых режима: классический, дзен, молния и квест. Classic - это оригинальная концепция, известная по предыдущим играм. Он не рассчитан по времени и заканчивается, когда дальнейшие ходы становятся невозможными. Режим дзен предназначен для расслабления и не имеет конца. Здесь игрок может включать различные аудиовизуальные эффекты. Это модуляция дыхания, окружающие звуки, мантры и бинауральные ритмы. Молния является временным режимом и прекращается, когда время истекает. Стандартное время составляет одну минуту, но при сопоставлении специальных драгоценных камней времени добавляется больше времени. Режим квеста состоит из ряда испытаний. Игрок должен активировать реликвии, и каждое испытание соответствует реликвии.
Есть также четыре дополнительных секретных режима, которые представляют собой расширенные версии испытаний режима квестов. Это покер, бабочки, ледяной шторм и алмазный рудник. В режиме покера игрок должен составлять покерные комбинации с совпадениями драгоценных камней. Например, два драгоценных камня являются парой. В режиме бабочек есть специальные драгоценные камни-бабочки, которые движутся вверх снизу. Их необходимо сопоставить, прежде чем они достигнут вершины. В режиме ледяного шторма лед движется вверх по доске, и игроку приходится собирать совпадения, чтобы снова сбить его. В режиме алмазной шахты нижняя часть игрового поля заполнена камнями. Игрок должен прокопать его, сопоставляя драгоценные камни, находящиеся рядом с ним. Таким образом, из камня можно добывать золотые монеты, артефакты и алмазы.
Версия для браузера создана с использованием HTML5 и работает через собственный клиент Google. В отличие от оригинальной браузерной версии 2000 года, которая служила пробной версией полной игры Windows Bejeweled, эта полная версия доступна бесплатно. Есть два графических режима: для более быстрых и медленных машин. Однако в нем есть только два режима игры: классический и скоростной (последний идентичен молнии), с одинаковыми бонусами.