Игра начинается на острове Миллион, куда на лодке прибывает Чокобо. Названный в честь своей стоимости в один миллион гил, Чокобо вскоре обнаруживает, что на острове есть свои проблемы. Владелец Сид, известный своими книжками с картинками, но внезапно заболел в процессе написания своего последнего рассказа. Тем временем загадочную девушку выбрасывает на остров Миллион, и одновременно появляется ведьма, разрушающая счастливые финалы в книжках с картинками Сида. На Чокобо выпадает задача раскрыть тайну этих странных событий и бороться со злом, постигшим остров. С девушкой в качестве проводника он путешествует по мирам книжек с картинками Сида, чтобы восстановить в них мир, работая с героями, которых он встречает по пути, чтобы победить ведьму и раскрыть правду о Миллионном острове.
Как и его предшественник, игровой процесс Majo to Shōjo to Gonin no Yusha в значительной степени вращается вокруг мини-игр и случайных сражений. Выполнение основной задачи в каждой мини-игре продвинет историю вперед, хотя выполнение двух более сложных задач может принести вам больше карт для битвы. Сражения проводятся в стиле карточной дуэли, где Чокобо должен собрать колоду, которая сможет призывать могущественных монстров, чтобы победить различных боссов, встающих на его пути.