Анатомия страсти: видеоигра основана на сериале «Анатомия страсти» и в основном построена так же, как и сам сериал. История об инфекционном вирусе, поразившем больницу Сиэтл Грейс, разделена на пять эпизодов, эпизоды разделены на акты, а акты разделены на сцены. Каждая сцена посвящена одному персонажу и завершается мини-игрой.
По сути, есть два типа сцен. Во время разговоров игроку иногда приходится выбирать между двумя вариантами взаимодействия персонажей друг с другом. Затем следует мини-игра, например, разрыв фотографии, скользящая головоломка, ритм-последовательность или головоломка на совпадение плиток. Операции и процедуры также представляют собой последовательные мини-игры, например, дезинфекция путем перемещения курсора по экрану, затем разрезание кожи путем создания прямой линии и сшивание ее путем соединения точек.
У игрока есть пять попыток на мини-игру, если он терпит неудачу чаще, ему придется перезапустить сцену. Из-за технических ограничений платформы на DS нет голосов и анимированных роликов.