Это лишь номинальное продолжение игры Quake от id 1996 года. Это шутер от первого лица, вращающийся вокруг войны Земли и Строггов. Инопланетная раса Строггов угрожает Земле, но Земля начала контрнаступление, Операцию «Чужой Оверлорд». Оверлорд вступает в битву на родном мире Строггов с конечной целью - захватить столицу и убить правителя.
В качестве шутера от первого лица Quake II содержит разнообразное оружие, включая запасной бластер, рельсотрон и секретный BFG10K. На уровнях можно найти предметы для здоровья, брони и боеприпасов, а также классическое усиление Quake's Quad Damage. Игровой процесс включает в себя уничтожение инопланетных противников по мере прохождения игроком уровней и выполнения внутриигровых задач. Quake II также поддерживает многопользовательский режим Deathmatch.