События игры Altaïr's Chronicles происходят в 1190 году и задуманы как приквел к оригинальной консольной версии Assassin's Creed. На этот раз мы узнаем, как Альтаир становится убийцей, ища артефакт в разных городах. Говорят, что этот артефакт, известный как «Чаша», может дать своему владельцу силу остановить крестовые походы.
Игра представлена в виде сайд-скроллера с управляемыми 3D-путями. То есть у игрока есть свобода перемещения в 3-х измерениях, так как использование крыш будет очень обширным, но ограничено заданным путем. Как и в предыдущей игре, Альтаир демонстрирует обычные способности боя, скрытности и паркурного перемещения, которые помогут ему находить альтернативные маршруты или сражаться с врагами, если другого пути нет. Другие способности, такие как допрос и карманная кража, на этот раз выполняются посредством мини-игр, в которых используется сенсорный экран DS. Кроме того, Альтаир может получить новые способности, собирая синие сферы, разбросанные по картам (если не считать получения «опыта»).