Неся с собой всех монстров, которых он захватил в своей последней миссии, Bomberman направляется на свою родную планету бомбардировщик. Тем не менее, вдруг кто-то крадет все его четыре ракетных двигателей, и он вынужден сделать аварийную посадку. После того, как проснулся от аварии он понимает, что не только его двигатели ушли, но все монстры сбежали!
Bomberman Quest является сверху вниз действий RPG, в которой Bomberman должен пройти четыре различных земель и говорить с туземцами, чтобы помочь ему в его поисках, чтобы вернуть двигатели и монстров. В true action RPG fashion, вы подбираете апгрейды по пути, такие как части бомбы и навыки, полученные от победы над монстрами.
Существует также режим битвы, где два игрока могут duke его через связанные цвета Game Boy.